Un bon chronomètre moléculaire doit :
être une molécule très spécifique d'une espèce donnée
Ce doit être une molécule retrouvée de manière ubiquitaire (chez toutes les espèces).
avoir accumulé un très grand nombre de mutations au cours de l'évolution
Si le nombre de mutations accumulées est trop important, on ne peut plus s'en servir de référence d'évolution. Elle doit avoir un équilibre entre zones conservées et zones mutées
être présent en toute petite quantité dans les cellules
Son étude est d'autant plus facile qu'elle se trouve en grande quantité dans les cellules
pouvoir faire l'objet d'une analyse bio- informatique
C'est un critère indispensable compte tenu du nombre et de la taille des séquences obtenues à l'heure actuelle. Une exploitation manuelle est impossible