Lorsque l'on exploite un arbre phylogénétique :
deux espèces situées sur une même branche ont des caractéristiques communes
la distance évolutive entre deux espèces est inversement proportionnelle à la longueur de la branche de l'arbre qui les relie
Elle est proportionnelle à la longueur de la branche
un nœud interne représente un possible ancêtre commun
seuls les nœuds internes représentent des espèces connues et identifiées
Les espèces connues et identifiées sont au bout des branches de l'arbre
les espèces comparées sont forcément des espèces vivantes aujourd'hui
on peut aussi intégrer dans l'arbre des espèces fossiles