La construction d'un arbre phylogénétique :
ne peut se faire qu'à partir de données moléculaires comme une séquence d'ADN par exemple
on peut aussi créer des arbres phylogénétiques à partir de données phénotypiques ; Ce sont les arbres les plus classiques présentés par les paléontologues
permet de visualiser les liens de parentés entre des espèces différentes uniquement
on peut aussi créer des arbres phylogénétiques entre des souches bactériennes appartenant à la même espèce par exemple
fait souvent appel à la mise en place de matrices de distances
peut se faire directement en ligne à partir des données moléculaires présentes dans les bases de données internationales